בנם של יונה ואברהם. נולד ביום י"ז בטבת תשל"ז (7.1.1977). בקריית אתא. ילד שני במשפחה, אח של איילת השחר ואריאל.
יעקב (קובי) החל את לימודיו בבית הספר היסודי "פינסקר" שבעירו. ילד טוב וחכם עם עיניים יפות שאהב את החיים והרבה לחייך. הוא המשיך את לימודיו בחטיבת הביניים "רוגוזין", והתבלט כתלמיד מעולה וכספורטאי מבטן ומלידה.
עם סיום לימודיו בחטיבה, בגיל חמש-עשרה, עבר ללמוד בבית הספר הטכני של חיל האוויר בחיפה (כיום: המכללה הטכנולוגית של חיל האוויר והחלל; "בית הספר להנדסאי תעופה").
מגיל צעיר אהב ספורט, הצטיין בכדורגל ולאורך שנות לימודיו שימש שוער ראשון בקבוצת הכדורגל "עירוני קריית אתא".
שוחר יעקב (קובי) פפר נפל ביום כ"ה באב תשנ"ד (1.8.1994) והוא בן שמונה-עשרה. הובא למנוחות בחלקה הצבאית שבבית העלמין בקריית אתא. הותיר הורים, אחות ואח.
מותו הפתאומי של קובי הכה בתדהמה את משפחתו וחבריו.
כתבה אחותו: "אחי שלי, המלאך שלי, אי אפשר לתאר את הגעגוע. לא נשכח לעולם את החיוך שלך, שמור עלינו מלמעלה."
כתבו חבריו: "קובי היקר, זכרך לא ימוש לעולם. בחור לתפארת שנשאר צעיר לנצח. אוהבים ומתגעגעים."
קובי הונצח באנדרטה לזכר לוחמי חיל האוויר שנפלו בעת שירותם. האנדרטה ממוקמת בהר הטייסים – בין צומת אשתאול לקיבוץ צובה, מזרחית לרמת רזיאל.